什么是蛋白质 - 蛋白质相互作用?

基本上,任何施加任何类型的蛋白质,对另一个蛋白质的作用,效果或影响的蛋白质与该蛋白质相互作用。然而,在生命科学领域,术语蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)以更具体的方式使用:

  • 它必须涉及直接的物理接触,通常是在一个特定的位置和方向(分子对接),并形成一个蛋白质复合物,永久的或短暂的
  • 它必须是非随机的,这样就排除了所有可能偶遇的蛋白质
  • 它不能是通用的,但是服务于与蛋白质产生和降解等完全通用功能不同的特定目的(De Las Rivas和Fontanillo 2009)。

蛋白质 - 蛋白质相互作用的类型

蛋白质 - 蛋白质相互作用可以通过几种方式进行分类(根据Acuner-Ozbabacan等,2011年):

  • 根据亲缘关系,可将其分为义务(以防其中一个或多个蛋白质不稳定体内除非相互作用并形成特定的蛋白质复合物)和非义务相互作用(如果蛋白质可以独立存在)。
  • 可以基于它们形成的复杂性的稳定性来分类非迫使互动,如永久或者短暂的,以及瞬态相互作用或者强的
  • 由于大多数迫使互动是永久性的,并且大多数非迫使相互作用是瞬态的,迫使和永久性有时在文献中可互换使用。

大多数细胞过程都受到瞬时PPI的调控,因此对PPI的研究主要集中在这类相互作用上。

可用于研究蛋白质 - 蛋白质相互作用的方法

有几十种可用的方法来研究PPI,每一种都有一些优点和缺点,例如。

  • 就他们可以检测的相互作用的类型而言
  • 就它们可以用于的蛋白质类型而言
  • 他们生产的误报和假底片的数量
  • 所需的仪器,等等。

由于大多数方法都会产生大量的假阳性和假阴性,通常需要使用2或3种不同的方法来确认每一种交互作用。

大多数方法可以分为以下三组方法之一:在Silico.在体外体内。(Srinivasa Rao等人,2013):

在Silico.方法使用计算机模型来预测蛋白质-蛋白质相互作用。它们包括基于序列的方法、基于结构的方法、染色体接近、基因融合、硅2杂交、镜像树、系统发育树和基于基因表达的方法。

体外方法是在活体外的受控环境中进行的。体外用于PPI检测的方法包括串联亲和纯化、亲和层析、共免疫沉淀、蛋白质阵列、蛋白质片段互补、噬菌体展示、x射线晶体学和核磁共振波谱。其中一些(例如共免疫沉淀)相互作用发生在体内,但相互作用是固定的,并在细胞或生物死亡后检测到,因此有时被标记为体外方法。

体内方法在活细胞或生物中进行。体内方法的巨大优点是它们保留了互动发生的本地环境。另外,其中一些,如烦恼,是可逆的并且可用于动态地量化蛋白质 - 蛋白质相互作用,这是非常有利的。请按照下面的链接获取有关此类方法的更多信息。

用于研究蛋白质 - 蛋白质相互作用的仪器

上面提到的许多体内方法使用荧光或发光标记。因此,需要能够测量荧光和/或发光的仪器来使用它们。有许多不同的仪器可以用于这种测量,包括微型板块的读者,荧光显微镜,体内成像系统, 和别的。每个仪器在性能,灵活性,吞吐量,样本量方面都有不同,最重要的是,它们能够执行蛋白质 - 蛋白质相互作用研究的技术。请按照下面的链接获取有关此应用程序的仪器的更多信息。

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